قد تشير الأعراض والشكاوى التالية إلى التهاب الدماغ الياباني:
- خفيفة أنفلونزا- مثل المرض - في معظم الحالات.
التهاب السحايا والدماغ* (الإصابة: 1 من كل 250 إصابة).
- في حوالي كل 250 حالة إصابة.
- مرتفع حمى، عادة 10 أيام.
- الشعور العام بالمرض
- صداع (صداع)
- غثيان (غثيان) / قيء
- اضطراب في الوعي
- النوبات
- اضطرابات الانعكاس
- ارتباك
- التغييرات السلوكية
- رعاش (اهتزاز)
- شلل جزئي (شلل حركي)
- اضطرابات المشي
- غيبوبة
* مشترك التهاب الدماغ (التهاب الدماغ) و السحايا (التهاب السحايا) تبلغ نسبة الوفيات (الوفيات بالنسبة إلى العدد الإجمالي للأشخاص الذين يعانون من المرض) في إصابة الجهاز العصبي المركزي 30-35٪. الأطفال وكبار السن هم أكثر عرضة للإصابة بالمرض بشكل أكثر حدة.